Aunque las sacudidas posteriores al sismo del 4 de marzo continuaron, su intensidad disminuyó con el correr de los días. Para el 15, casi había desaparecido el temor de que adviniera una catástrofe de mayor envergadura y la población había comenzado a pernoctar en el interior de sus viviendas.
Sin embargo, a las 02:00 horas del 19 de marzo de 1873, un primer gran movimiento de la tierra, acompañado de retumbos, alerta a los habitantes capitalinos, los que seis minutos más tarde abandonan sus viviendas.
Este hecho impidió mayor mortandad cuando, a las 02:10 a.m., sobrevino una fuerte detonación subterránea y un violento megasismo vertical, oscilatorio y ondulatorio hecha por el suelo, en menos de cinco segundos, a la antigua San Salvador, de la que solo quedaron en pie una quincena de estructuras públicas y privadas, estremecidas por una réplica del sismo tres horas más tarde.
Al trasmonte del cerro de San Jacinto, apareció una luz rojo-violeta, emitida en ráfagas intermitentes, y comenzó a percibirse un olor sulfuroso sofocante en el ambiente. El epicentro o foco de conmoción fue ubicado por la comisión científica gubernamental -compuesta por el general belga André van Severen y el científico francés Lucien Platt-, en las alturas de Texacuangos, sobre los bordes lacustres de Ilopango, aunque otros autores señalaron al “volcán extinto de Santo Tomás” como el origen geológico de la catástrofe. Un mes después del megasismo, la zona conmovida fue medida matemáticamente por otra comisión oficial, compuesta por el licenciado Manuel Ubico y el dos veces licenciado y doctor Juan Barberena.
El 19 de marzo era el día del Señor San José, patrono de la Compañía de Jesús, en cuya residencia confiscada el gobierno de la república había establecido, un año atrás, el cuartel número uno de infantería. No era raro, pues, que aquellos capitalinos, que habían preparado con antelación los festejos litúrgicos correspondientes en los templos de Santa Lucía y La Merced, vieran en el Gran Terremoto una intervención sobrehumana, desde cuyas manos se dejaba caer un castigo divino sobre una población sacrílega y secularizada.
Así, entre la subida de casi un metro en el nivel del lago de Ilopango, gritos agónicos, nubes de polvo, grandes cantidades de menudos escombros, incendios y confesiones públicas individuales –hay que recordar que la gente, presa del pánico, gritaba sus pecados postradas de hinojos en las calles, para no morir inconfesas-, los últimos vestigios de la San Salvador colonial pasaban a la historia. Lo poco que aún quedaba en pie, sucumbió ante la fuerza de una réplica que sobrevino a las 05:00 horas de ese mismo día.
Presidente y mariscal de campo Santiago González Portillo.
Según refiere José María Huezo en sus Reminiscencias históricas (1856-1913), tras estos movimientos de tierra “el parque y las calles quedaron [llenos] de mercaderías y otros objetos amontonados, que obstruían el tránsito” por aquella ciudad desolada y humeante, en la que “no se veían más que semblantes despavoridos, polvosos y jadeantes, que de vez en cuando pasaban por las calles contemplando la horrorosa calamidad en que dejó la capital el terremoto”.
La destrucción material de la ciudad fue rescatada del olvido histórico por la magia de las fotografías del belga Armand Harcq -director de su propia Academia de Bellas Artes- y por la pluma artística de William Robert Kennedy (1838-1916, futuro almirante de la Armada y Sir del Imperio Británico), quien por entonces era el capitán de la fragata inglesa Reindeer, fondeada en el puerto de La Unión y que, tras conocerse la noticia del suceso telúrico, fue destacada al muelle de La Libertad, al que llegó dos días más tarde, casi al mismo tiempo que el vapor estadounidense de correo Winchester.
Los dos capitanes de los barcos y algunos de sus hombres desembarcaron y se dirigieron en una carreta alquilada hacia San Salvador y Santa Tecla, en trayectos pesados y donde se encontraban con caravanas de supervivientes de la tragedia y con escenas de la destrucción progresiva dejada por el fenómeno natural.
Gracias a los dibujos y grabados de Kennedy, en los siguientes tres meses varios periódicos y revistas de Estados Unidos y Europa difundieron a sus comunidades lectoras la gravedad de los daños causados por la naturaleza en diversos puntos de San Salvador, con sus edificios públicos y privados destruidos, sus iglesias demolidas, sus calles repletas de escombros, sus aguas negras pestilentes esparcidas por doquier, sus acueductos y puentes inservibles y los cadáveres del cementerio expuestos, porque las tumbas fueron abiertas por las fuerzas telúricas. En el centro de la ciudad, la devastación sembrada en la farmacia del Lic. José Belisario Navarro (padre de la futura doctora Antonia Navarro Huezo, primera graduada universitaria de Centroamérica y primera ingeniera de Iberoamérica) produjo un incendio que amenazó con sembrar más destrucción en aquella ciudad repleta de personas con ataques de ansiedad y pánico, como bien señaló el capitán Kennedy en su libro testimonial Sporting Adventures in the Pacific (1876).
Sentido hasta en la localidad hondureña de Gracias, este megasismo también causó graves estragos en poblaciones nacionales como San Jacinto, San Marcos, Santo Tomás, Santiago Texacuangos, Olocuilta, Mejicanos, Ayutuxtepeque, San Sebastián, Aculhuaca, Cuscatancingo, Apopa, Soyapango, Tonacatepeque, San Martín y Santa Tecla.
El mariscal de campo y presidente Santiago González Portillo se negó a trasladar la ciudad capital hacia Nueva San Salvador (o Santa Tecla, como es su nombre oficial desde el primer día de 2004), aunque sí envió a su familia a dicha localidad. Acampado con su gabinete en la Plaza de Armas (ahora Libertad), desde el 21 de marzo aquel gobernante liberal giró decretos tendientes a lograr una rápida reconstrucción de la ciudad e hizo importar lámina de hierro y otros materiales constructivos desde California para iniciar, desde abril, la reedificación de los principales edificios públicos y religiosos, así como para la reedificación de cientos de casas para aquella capital de 50,000 moradores, sujetos a los rigores de la ley marcial para evitar saqueos y desmanes en las propiedades dañadas o abandonadas.
El almirante británico W. R. Kennedy, quien estuvo en San Salvador en 1873 y realizó diversos dibujos de la devastación sísmica.