Las cordilleras que proveen la mayor cantidad de oxigenación a la población salvadoreña, sirven de hábitat a especies vegetales y animales, además de ser vallas protectoras contra huracanes y otros fenómenos meteorológicos, poco a poco han sido víctimas de los depredadores humanos, ya sea talando enormes extensiones para cultivos de granos básicos o para construir modelos de construcción de elevados precios, pero con daño irreparable para las montañas que pierden año con año miles de árboles, desapareciendo del mundo viviente a centenares de animales silvestres y acelerando la contaminación del territorio en general.
Respecto a nuestro recurso agua, el país cuenta con diez cuencas hidrográficas, siendo las más importantes y determinantes por su caudal las de los ríos Lempa, Paz, Goascorán, Grande de San Miguel, el Jiboa y Torola, unidos a los lagos Ilopango, Güija y Coatepeque, que año con año, todos se encuentran cada vez más contaminados con enormes cantidades de basura, plásticos y restos fecales que depositan los municipios y moradores en sus riberas, volviendo insalubres sus aguas y lo peor, asfixiando su capacidad de oxigenación para dar vida a diversas especies de peces y crustáceos, muchas de las cuales ya están incluidas en las listas de extinción y además disminuyen la promoción turística propia y extranjera. Asimismo, muchas fuentes son refugio de aves migratorias, mismas que pronto podrían dejar de venir o extinguirse por la contaminación de esos lugares de estadía temporal. Respecto al clima, los salvadoreños gozábamos de un clima templado, con una temperatura promedio de 20ºC, un crecimiento en la costa y muy fría en las cordilleras elevadas. Pero hoy estas condiciones son de fluctuaciones severas, entre un clima demasiado cálido a demasiado frío, que hacen prever que algo falla en el ambiente.
El territorio salvadoreño llegó a ser hábitat de numerosas especies de fauna y flora. Entre los animales hubo especies raras de mamíferos, peces, insectos, o reptiles, que hoy son recuerdos de antaño, como cotuzas, quetzales, venados, tigrillos, coyotes, pumas, monos arañas, lagartos, iguanas, cascabeles, corales, cantiles, timbos, garzas, loros, pericos, faisanes, chachas, tucanes, etc. y abundantes mariposas locales, muy propias del país.
Como resultado de la destrucción masiva del entorno natural en zonas boscosas y excesiva explotación de árboles maderables, muchos mamíferos, peces, mariposas, reptiles, etc. han desaparecido, aunque hay débiles intentos de preservarlos en áreas protegidas, pero que no tienen suficiente vigilancia para detener los depredadores humanos que somos los más crueles y despiadados. Aves como el águila crestada, rey zope, gavilanes, guardabarrancos, guacalchías, torogoces y otras especies ya no se miran más en el cielo cuscatleco ni en los árboles.
Respecto a nuestra flora, tuvimos miles de especies en plantas, yerbas, parásitas, árboles frutales y maderables como algarrobo, cedro, caoba, ceiba, nogal, ébano, bálsamo y muchas más largo de enumerar, que fueron víctimas de la deforestación absurda, que redujeron el caudal hídrico, incrementó la erosión y provocó la desaparición de especies animales, produciendo más contaminación de la atmósfera e incrementando el calor. Por esta misma deforestación muchos bosques fueron transformados en zonas agrícolas o en grandes complejos habitacionales, pero aún subsisten los esfuerzos por preservar algunas reservas boscosas como El Imposible, Parque Walter Tilo Deininger, El Trifinio y otros. Pero aún es necesario incrementar la reforestación a nivel nacional y evitar su infortunada depredación. Urge que se implementen nuevas técnicas de cultivo que eviten la erosión; que se modifiquen los modelos de construcción habitacional; que ya no se permitan botaderos de basura a cielo abierto; que impartan educación ambiental en escuelas, universidades, etc. ¡Pero ya!