“En nombre del Estado, en mi calidad de presidente y comandante general de las Fuerzas Armadas, pido perdón a ustedes y a sus familias, por todo los actos que les afectaron directamente”, dijo el mandatario, excomandante de la exguerrilla FMLN, al anunciar un programa de indemnizaciones para víctimas y familias de violaciones de derechos humanos durante el conflicto armado, que según el vocero presidencial beneficia a “ambos bandos”. El 16 de enero de 2016 ya había pedido perdón, también en nombre de la Fuerza Armada: “Como comandante general de las Fuerzas Armadas, pido perdón a las víctimas de las graves violaciones a los derechos humanos y a sus familiares”.
En 2012, el expresidente Mauricio Funes, ahora investigado por cinco delitos de corrupción, pidió perdón a las familias de las víctimas, en el caserío El Mozote, Morazán, que fue escenario de una masacre de casi mil personas en 1981.