El artículo 5 del Estatuto de Roma determina los tipos de crímenes de competencia de la CPI. El artículo 7 del Estatuto determina que entender como crímenes de lesa humanidad. Se contempla, entre otros, el asesinato, la tortura, desaparición forzada de personas, la encarcelación u otra privación grave de la libertad física en violación de normas fundamentales de derecho internacional. Abarca también actos inhumanos de carácter similar que causen intencionalmente grandes sufrimientos o atenten gravemente contra la integridad física o la salud mental o física que se cometa como parte de un ataque generalizado o sistemático contra una población civil y con conocimiento de dicho ataque, de conformidad con la política de un Estado o de una organización de cometer ese ataque o para promover esa política.
Desde el 27 de marzo está en vigencia un régimen de excepción que en sus orígenes presenta vicios de inconstitucionalidad, los cuales se han profundizado en dos prorrogas más a su decreto por parte de la Asamblea Legislativa y continuarían con una tercera prórroga ya anunciada desde vocerías oficiales. En el contexto discursivo de la declaración de una guerra, soldados y elementos policiales militarizados ejecutan miles de detenciones sin mayor fundamento más que el que una persona sea señalada como miembro de una pandilla o parezca serlo. Un fenómeno de delincuencia organizada se aborda desde la militarización de la seguridad pública. La supuesta medicina resultará peor que la enfermedad.
Se niega información a sus familiares sobre el paradero de cientos de personas detenidas y no hay respuesta a recursos de Habeas Corpus presentados ante las autoridades, casos de desaparición forzada. Decenas de personas han muerto por falta de atención médica en centros de detención a las que han sido remitidas sin garantía de un juez independiente. Otras han sido asesinadas después de sufrir agresiones o tortura estando privadas de libertad. Muchas de estas personas fueron detenidas arbitrariamente, ignorando elementos que comprueban que no están vinculadas con grupos delictivos. Estos crímenes son responsabilidad del Estado y cada funcionario, cada operador estatal tiene una responsabilidad específica durante la implementación de una política que premeditadamente esta causando este tipo de daño. Cabe abrir a discusión si el contexto de un régimen de excepción prácticamente permanente, sumado a la falta de independencia de órganos del Estado, estaría configurando escenarios de crímenes de lesa humanidad.
No faltarían comparaciones entre El Salvador con Uganda, Costa de Marfil, el Congo o Sudán con la finalidad de minimizar que las muertes ocurridas contra personas privadas de libertad durante el régimen de excepción no pueden llamarse crímenes de lesa humanidad. Podrían también anticiparse argumentos que plantearan que el Estado salvadoreño no puede ser señalado por enfrentar de manera drástica a grupos criminales a los que se les ha atribuido un promedio de 20 muertes violentas cada día y que las detenciones contra personas inocentes o muertes en prisiones deberían entenderse como efectos colaterales. Sin embargo, todo apunta a que la continuidad de suspensión de garantías, incluyendo la del derecho a defensa, provocará más asesinatos en instalaciones que ya superan el 300 % de su capacidad. Queda analizar si los hechos descritos a partir de la implementación de una política estatal al más alto nivel son de trascendencia para la comunidad internacional y si tienen el peso suficiente para llamar a la competencia de una instancia como la Corte Penal Internacional. Si la conclusión fuese afirmativa, habría que plantearse que Estado parte del Estatuto de Roma remitiría un caso al Fiscal de la CPI o si este de oficio solicitase a la Sala de Cuestiones Preliminares autorización para abrir una investigación. Esto antes de que al Estado salvadoreño se le ocurriese denunciar al Estatuto o en el periodo establecido una vez tomase esta acción.