La regla general para la votación de diputados es que no debe marcar más candidatos de los diputados a elegir en el departamento correspondiente. Por ejemplo, los electores de San Salvador no deben marcar más de 16 candidatos.
Estas son las formas válidas de votar por candidatos a diputados de acuerdo al instructivo para las Juntas Receptoras de Votos del Tribunal Supremo Electoral.
1. MARCAR BANDERA O TODOS LOS CANDIDATOS DE UN PARTIDO:
Marcar bandera, marcar todos los candidatos de un solo partido político o marcar bandera con todos sus candidatos equivale a darle el voto entero al partido político sin preferir o dar ventaja a unos sobre otros candidatos.2. MARCAR ROSTROS DE UN PARTIDO:
Marcar rostros de un partido, ya sea marcando la bandera o no, es igual a darle el voto al partido político, pero dándole preferencia o posibilidad de entrar como diputado a uno o varios candidatos sobre otros.
3. EL VOTO CRUZADO O FRACCIONADO:
Marcar candidatos de partidos diferentes, el llamado voto cruzado, equivale a distribuir la unidad del voto entre varios partidos políticos dándole preferencia a los candidatos marcados.Para que el voto cruzado sea válido no debe exceder el número de escaños que se eligen en el departamento y no se debe marcar bandera.
El voto cruzado fue ordenado por la Sala de lo Constitucional del periodo 2009-2018 y ha sido criticado por partidos políticos e incluso por algunos magistrados del Tribunal Supremo Electoral (TSE).