La universidad en un ambiente de balance ideológico no solo debe instruir, sino que sobre todo debe culturizar a las nuevas generaciones estudiantiles, por esa razón se funda con su lema: “Paz con Libertad y Cultura”. Inició sus actividades docentes en el mes de enero de 1980, y obtuvo su personería jurídica el 23 de noviembre de 1981. Dio inicio a sus labores docentes con las clases en la Facultad de Ciencias y Humanidades, Odontología, Ciencias Económicas, Ciencias de la Salud, Química y Farmacia, Arquitectura e Ingeniería, Jurisprudencia y Ciencias Sociales, que funcionaban en edificios diferentes (Nueva San Salvador y San Salvador) en 1982.
Dos años después, la Universidad se trasladó a San Salvador, donde funcionó en dos locales, uno de ellos fue “ El Castillo”, en Alameda Roosevelt, con las Facultades de Química y Farmacia, Medicina, Odontología y Humanidades. Posteriormente se trasladó a las Facultades de Química y Farmacia y Odontología al local situado en la calle Arce y 23 Av. Sur y al edificio No. 2 situado en la Alameda Roosevelt y 41 Avenida Sur, las facultades de Ciencias Jurídicas y Sociales, Facultad de Ciencias y Humanidades, Facultad de Ciencias Económicas y la Facultad de Ciencias de la Salud, donde se encuentra actualmente. Las Facultades de Odontología y Química y Farmacia se encuentran ubicadas en la actualidad en Alameda Roosevelt y 51 Avenida Sur.
Como Universidad seria y responsable, la UNSSA se ha proyectado siempre a la sociedad con orientación a la opinión pública, analizando la problemática nacional, con aportes a la educación y la cultura.
A nuestros estudiantes se les enfatiza constantemente que los seres humanos somos partículas de la comunidad, a la cual nos debemos siempre, brindando a esta nuestros conocimientos y experiencia adquiridos. La UNSSA ha cumplido, cumple y cumplirá con esa misión de formar integralmente a los estudiantes bajo los principios y valores científicos, humanísticos y éticos de la más alta significación social y cultural en solución a nuestros gravísimos problemas, sin distingo ideológico, ni posiciones sectaristas, ni para que podamos disfrutar, como hermosa realidad, de una “Paz con Libertad y Cultura”.