El juez Guzmán ha liderado la investigación del caso, incluyendo las inspecciones de archivos.
Dos recusaciones en contra del juez de Instrucción de San Francisco Gotera, en Morazán, Jorge Guzmán, han detenido el proceso penal por la masacre de El Mozote, luego que los defensores de los militares pidieran que el juez se aparte de conocer el proceso por "parcial”.Las recusaciones han planteado que el juez es parcial, debido a que, cuando era estudiante, su tesis para obtener la licenciatura en Ciencias Jurídicas trató sobre los derechos humanos entre 1980 y 1991, e hizo aseveraciones sobre la masacre de El Mozote.Sin embargo, la acusación particular del proceso, liderada por los abogados David Morales, Wilfredo Medrano y Antonio Aguilar señalan que ese argumento no es válido y piden al Órgano Judicial resolver con prontitud. "Queremos denunciar una estrategia dilatoria más de la defensa de los imputados en el proceso de El Mozote, que es una estrategia destinada a demorar, retardar e inclusive a paralizar la elevación a juicio contra los imputados de la masacre de El Mozote”, dijo ayer David Morales.¿Por qué? Luego que los defensores presentaran la recusación, debía ser conocida por la Cámara Segunda de lo Penal de la Sección del Centro de San Miguel, pero uno de los magistrados, se excusó debido a que fue compañero de tesis del juez.Así pues, los recursos subieron a la Sala de lo Penal, de la Corte Suprema de Justicia, pero ahí, uno de los defensores, Lisandro Quintanilla, presentó un recursos de recusación contra dos magistrados: Leonardo Ramírez Murcía y la magistrada Doris Luz Rivas. Según el abogado, Antonio Aguilar, el defensor de los militares alegó que ambos magistrados ya han adelantado criterio sobre casos de crímenes de guerra en otras resoluciones ligadas al caso del asesinato de los padres jesuitas. Este recurso debe resolverlo la Corte Plena. El proceso se detuvo cuando está a punto de hacerse la audiencia preliminar para decidir si el caso pasa a juicio, donde desfilarán todas las pruebas en contra de más de 12 militares, señalados de ser los autores intelectuales del asesinato de casi 1,000 personas en El Mozote y lugares aledaños en 1981.
Las recusaciones
El 3 de marzo se conoció que los fiscales del caso habían recusado al juez porque no era imparcial y el 19 de marzo, la defensa de los militares presentó otra recusación alegando que el juez no era parcial, debido a su tesis elaborada en 1992.
Abril 09 de 2021El defensor, Lisandro Quintanilla, recusó a la magistrada Doris Luz Rivas y al magistrado Leonardo Ramírez Murcia.