Bonilla formó parte de Alianza desde 2009 donde fue campeón de la reserva justo en el torneo Clausura 2011 donde los blancos alcanzaron su décimo título de la historia, pero su debut en la categoría mayor se dio en 2012 hasta el 2014. Su registro fue de 20 goles en 77 partidos, pero en último torneo, Clausura 2014, sólo anotó un tanto en 11 encuentros.
De acuerdo al “Diario Diez” de Honduras, Alianza a través del presidente en ese entonces, Lisandro Pohl, a falta de una fecha para culminar el Clausura 2014 decidió despedir a siete jugadores tras los malos resultados que dejaron a los albos en último lugar de dicho campeonato. Los jugadores que habían sido separados fueron: Nelson Bonilla, Herbert Sosa, Sean Fraser, Carlos Arévalo, Marcelo Messías y Jairo Araújo.
Sin embargo, la dirigencia en ese momento informó que algunos de los jugadores serían tomados en cuenta por el técnico uruguayo, Alejandro Curbelo, para el siguiente torneo, pero Bonilla terminó por ser “transferible” para el sudamericano.
Aunque poco después se dio a conocer la noticia que Nelson rescindiría contrato con Alianza para poder salir al Vitorul de Rumania, pese a que tuvo ofertas de C.D. Águila, el salvadoreño decidió por irse al fútbol europeo donde en el mencionado equipo marcó siete goles en 25 encuentros.
Ocho años después, Bonilla regresa al fútbol salvadoreño precisamente con el equipo que lo vio nacer como futbolista profesional y sobretodo en una época diferente al 2014, ya que el salvadoreño ha tenido un largo bagaje en el balompié internacional, mientras que los albos han conseguido desde el 2014, siete títulos y 11 finales consecutivas.
“A Alianza viene un Nelson más maduro que el Nelson que estuvo en la reserva y en el primer equipo, sé lo que puedo aportar al equipo será una competencia sana porque el grupo es muy bueno, aportaremos un poco de experiencia, la ventaja que tengo es que sé la exigencia del equipo, sé la exigencia de la afición, nada a tratar de ganar un poco más”, expresó Bonilla esta mañana en conferencia de prensa.