Después de derrotar a Dulaque en la primera temporada, y a Próspero en la segunda, en esta tercera temporada los bibliotecarios se ven obligados a enfrentarse a un adversario totalmente diferente a cualquiera que hayan enfrentado antes: Apep, el dios egipcio del caos. Habiendo emergido de un sarcófago desenterrado en Egipto, Apep –el cual adopta la forma de cualquier humano que posea- tiene la intención de abrir un portal a una dimensión alternativa para liberar el mal en el mundo. La última vez que lo intentaron, el bibliotecario y el guardián original pudieron detenerlo; pero, ¿los bibliotecarios de hoy estarán a la altura de este reto?
Inicialmente, parece que los bibliotecarios pueden manejar cualquier cosa. Flynn, Eve Baird (Rebecca Romijn), Stone (Christian Kane), Cassandra (Lindy Booth), Ezekiel (John Kim), y el cuidador Jenkins (John Larroquette) detienen el primer intento de Apep de abrir el portal. Pero, los roces comienzan a generarse dentro del grupo.
