La primera final que Isidro Metapán disputó fue en el Apertura 2005, donde cayó por 2 a 0 ante el Vista Hermosa, conocido en ese momento como el “Mata Gigantes”, pero el proyecto metapaneco no se detuvo y dos años más tarde regresó a una final de la liga de privilegio en la que enfrentó y venció a Luis Ángel Firpo por 1 a 0, haciendo historia por su primer título de liga mayor.
A partir de entonces, Metapán se transformó en un monstruo y logró hacerse con nueve títulos más, el del Apertura 2008 en el que derrotó a Chalatenango en la tanda de penales (4-3) tras haber empatado 3-3 en el tiempo reglamentario. En el siguiente torneo le ganó la final a L.A. Firpo por la mínima. La cuarta llegó tras derrotar 3 a 1 a C.D. Águila en el Clausura 2010. Al siguiente torneo, Apertura 2010 le ganó también en penales (4-3) a Alianza tras el 0-0 en los 120 minutos. La sexta la coronaría ante Once Municipal gracias a un gol de Paolo Suárez en el Apertura 2011.
Luego, harían una “pausa” ganadora y regresaría a ganar el Apertura 2012 ante Alianza 1-1 (5-4 penales) y los últimos tres serían de forma consecutiva ante FAS (1-0 en el Apertura 2013), Dragón (0-0, 6-5 en penales en Clausura 2014) y ante Águila (1-1, 3-1 en penales en el Apertura 2014).
A pesar de tantas finales ganadas, Metapán no es el equipo que más finales ha disputado en torneos cortos; esa estadística pertenece a C.D. FAS con 17 disputadas, pero que de ellas solo ganó 6.
