Hace 34 años, coincidentemente un jueves 16 de noviembre de 1989, en las instalaciones de la UCA fueron asesinados los sacerdotes jesuitas españoles: Ignacio Ellacuría, el rector de la UCA; Ignacio Martín Baró, el vicerrector académico; Segundo Montes Mozo, director del Instituto de Derechos Humanos de la UCA; Juan Ramón Moreno Pardo, director de la biblioteca; Amando López Quintana, profesor de filosofía de la UCA.
También el jesuita salvadoreño, Joaquín López y López, fundador de la UCA, y las dos colaboradoras, Elba Ramos, quien era cocinera de los sacerdotes y su hija, Celina Ramos.
De acuerdo con el dictamen de acusación de la masacre de la UCA, que lo conoce el Juzgado Segundo de Instrucción de San Salvador, dice que fue el Alto mando de la Fuerza Armada de El Salvador supuestamente mandó a asesinar al padre Ignacio Ellacuria y cinco jesuitas más, por considerarlos “cabecillas” del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN), durante la guerra civil salvadoreña.
La masacre sucedió en el contexto de la Ofensiva Final “Hasta el tope”, donde el Alto mando de la Fuerza Armada que estaba conformada por el jefe del Estado Mayor, el ministro de Defensa, el viceministro de la Defensa y de Seguridad Pública, el 15 de noviembre acordaron iniciar una contraofensiva a partir de la 1 de la madrugada del 16 de noviembre para “desalojar a los terroristas de la ciudad capital”.
En la acusación son nueve militares los acusados, ademas del expresidente Alfredo Cristiani (1989-1994) y el exdiputado Rodolfo Parker, quien era abogado de algunos de los acusados.
Los militares acusados son Juan Rafael Bustillo Toledo, Juan Orlando Zepeda Herrera, Rafael Humberto Larios López, Carlos Camilo Hernández Barahona, Nelson Iván López López, Joaquín Arnoldo Cerna Flores, Inocente Orlando Montano, Óscar Alberto León Linares y Manuel Antonio Ermenegildo Rivas Mejía.