Este caso inició en diciembre 2020, cuando la Fiscalía General de la República acusó a Funes y giró la séptima orden de captura contra él, contra el empresario José Miguel Menéndez "Mecafé” y del guatemalteco Jaime Ramón Aparicio Mejía, este último acusado de cohecho activo (soborno).
Según las investigaciones fiscales, Funes habría entregado la adjudicación del proyecto de diseño y construcción del puente San Isidro, en 2013 a la empresa guatemalteca Servicios Calificados de la Construcción S.A. (SERDELCO S.A.) por $8,487,716.94. Dicho puente conectaría el municipio de San Pablo Tacachico, La Libertad, con Nueva Concepción, Chalatenango.
A cambio habría recibido un avión modelo King Air para uso de él y del empresario "Mecafé”, donde viajaron con sus familias a Estados Unidos, Costa Rica, Nicaragua, Panamá, Honduras y Guatemala.
Por este proceso penal, el empresario Miguel Menéndez fue condenado a ocho años de cárcel, en agosto del 2022, porque el Tribunal Primero de Sentencia encontró evidencia que la avioneta, "Mecafé” hizo 47 viajes entre el 27 de junio de 2013 y el 13 de septiembre de 2016. Menéndez fue un amigo cercano de Funes Cartagena, en cuya administración fue nombrado presidente del Centro Internacional de Ferias y Convenciones (Cifco).
Funes es procesado en ausencia, y sus abogados defensores son de la Procuraduría General de la República (PGR) , luego que la Asamblea Legislativa aprobara una reforma al Código Procesal Penal que permite continuar los procesos penales para reos ausentes.
El exmandatario salvadoreño reside en Nicaragua desde 2016, donde encontró refugio en el Gobierno de Daniel Ortega, donde ahora es nacionalizado junto a su núcleo familiar. Sobre él pesan al menos siete órdenes de capturas por igual número de procesos penales, el más grande, el desvío de $351 millones de la Cuenta Subsidiaria del Tesoro Público de Casa Presidencial a cuentas personales, para gastos superfluos.
Por dos de los siete casos ya fue condenado, siendo el caso tregua con pandillas a 14 años de cárcel y seis años de cárcel por un caso de evasión de impuestos.