La Universidad de El Salvador (UES) no es mencionada en el nuevo proyecto de Ley de Educación Superior presentado por el gobierno ante la Asamblea Legislativa, ni como parte obligatoria del Consejo de Educación Superior ni como institución con un presupuesto estatal mínimo asignado.

La actual Ley de Educación Superior menciona a la UES en tres artículos:
  1. En el artículo 22, indica que la UES y las demás del Estado gozan de autonomía en lo docente, lo económico y administrativo.
  2. En el artículo 46, señala que "el Consejo de Educación Superior estará integrado por: b) Un representante de la UES", además de otros miembros.
  3. Y en el artículo 60 se recuerda que la Universidad de El Salvador se regirá por su Ley Orgánica y la obligación de presentar sus instrumentos legales.

En el nuevo proyecto enviado a la Asamblea Legislativa el lunes 13 de mayo por el ministro de Educación, José Mauricio Pineda, la UES podría o no participar en el Consejo de Educación Superior ya que se establece que en dicho Consejo habrá "dos representantes de universidades estatales".

Para el académico e investigador Óscar Picardo, la creación de nuevas instituciones bajo paraguas del Estado probablemente se busque darle espacio a estas instituciones y bajar un poco el perfil de la UES. "Eso se nota por el tema presupuestario y por otras circunstancias que vive la UES", manifestó. Según el especialista, dentro del Consejo Superior de Educación, la UES "debería mantener esas plazas, debería aparecer la UES y otras del Estado".

Actualmente, la UES tampoco tiene un presupuesto mínimo asignado. Sin embargo, Picardo aseguró que le hubiese gustado un artículo en donde se asignara a la UES un porcentaje del presupuesto general de la nación.

Sin referirse expresamente a la UES, el proyecto establece que los fondos del Estado asignados a las universidades estatales dependerán de "las disponibilidades de recursos del Estado", según el artículo 68. El artículo 69 también condiciona a "las disponibilidades de recursos del Estado" los fondos que el Estado pueda destinar al Programa Nacional de Becas, la investigación en las instituciones de educación superior y la internacionalización de la educación superior.

La UES denunció el 11 de marzo que el gobierno aún adeuda $52 millones desde 2022 de los presupuestos asignados por ley. Cada año la UES recibe más de 20,000 solicitudes de aspirantes nuevos pero solo acepta aproximadamente 11,000.