El decreto fue aprobado el 5 de marzo e inició su vigencia el miércoles 13 de marzo.
El registro único de víctimas fue creado a partir de la sentencia de la Corte Interamericana de Derechos Humanos de la masacre de El Mozote versus el Estado de El Salvador emitida el 25 de octubre de 2012.
El decreto ejecutivo emitido por la designada presidencial ordena la creación de una comisión de traslado de esta base de datos, que era manejada por la extinta Dirección General de Estadística y Censos (Digestyc), y que estará integrada por representantes de Gobernación y del Ministerio de Economía.
La secretaría ejecutiva del Consejo Directivo del Registro en Gobernación deberá depurar el Registro, podrá incluir nuevas víctimas que cumplan criterios de incorporación y deberá dar información para identificar las víctimas a ser beneficiadas de las medidas de reparación.
David Morales, jefe jurídico de Justicia Transicional de Cristosal y querellante en el proceso penal por la masacre de El Mozote en 1981, explicó que, desde que asumió el gobierno actual, el registro ha tenido "numerosas irregularidades", ya que luego de la disolución de la Secretaría Técnica de la Presidencia de la República "se produjo un estancamiento de más de ocho meses sin que se nombraran responsables por parte del Ministerio de Gobernación" de tal registro.
Luego de la disolución de la Digestyc, las víctimas representadas en el Consejo Directivo del Registro Único dejaron de tener acceso a la base de datos asumida por el Ministerio de Gobernación. "El traslado a Gobernación se prometió hace casi dos años desde que se disolvió la Digestyc y a estas alturas no se ha podido concretar", aclaró.
Morales también aseguró que pese a los decretos aprobados por la Asamblea Legislativa estos no se han aplicado por falta de voluntad política y el más reciente no garantizó la gratuidad de los trámites notariales por parte de las víctimas.
"La administración del software del Registro Único por parte de Gobernación es una deuda que se arrastra desde casi dos años desde que fue disuelta la Digestyc. Todas estas irregularidades han sido informadas en la Corte Interamericana en una reciente audiencia de supervisión que tuvo lugar en San José Costa Rica", reveló.
Según Morales, un problema de fondo es la exigencia a las víctimas para probar filiación con sus familiares asesinados y la muerte de sus familiares ya que todos los registros municipales fueron quemados durante la guerra.
El 28 de junio de 2022, la Asamblea Legislativa aprobó una ley para crear el Registro Único de Víctimas de las masacres ocurridas en el caserío El Mozote, en diciembre de 1981; ese día, la diputada Claudia Ortiz, de Vamos, criticó la falta de consulta a las víctimas; y el diputado René Portillo Cuadra sugirió regresar a la gratuidad del pago de honorarios a los notarios por parte de las víctimas; la gratuidad solo tuvo 14 votos a favor.