Las funciones de la ESCO serán trasladadas al Ministerio de Relaciones Exteriores, que también canaliza la cooperación internacional, según el decreto ejecutivo 3 firmado por Bukele el 28 de enero de 2025 y vigente desde el 30 de enero cuando se publicó en el Diario Oficial.
Uno de los argumentos para realizar esta derogación es, según el decreto 4 del Consejo de Ministros, es la necesidad de una "reestructuración" de distintas dependencias del Gobierno para "unificar, coordinar y canalizar de forma óptima los recursos que aportan los diferentes actores".
Para realizar esa modificación, el Consejo de Ministros reformó el Reglamento Interno del Órgano Ejecutivo, decreto que fue firmado por el presidente Bukele y está vigente desde el 30 de enero pasado.
Según ese decreto ejecutivo, el Viceministerio de Coooperación del Ministerio de Relaciones Exteriores tendrá 11 nuevas atribuciones, entre las cuales están coordinar las necesidades de financiamiento que puedan ser apoyados con cooperación internacional, coadyuvar en la presentación de proyectos y gestionar recursos ante la cooperación internacional.
La ESCO fue creada el 29 de junio de 2020 por decreto ejecutivo.
Una publicación del diario estatal El Salvador informaba de los planes de la ESCO de aprobar 10 acuerdos de cooperación internacional en 2025 con Uruguay, Guatemala, Costa Rica, República Dominicana, Brasil, México, Panamá, Argentina, Paraguay y Honduras.
El 17 de mayo de 2023, la ESCO informó que El Salvador y España presentaron un marco de asociación país (MAP) 2023-2026 por 110 millones de euros entre donativos y créditos.
El Ministerio de Relaciones Exteriores informó que, de junio de 2022 a mayo de 2023, concretó un total de $357 millones de cooperación el proyectos estratégicos para El Salvador.