La elección del director de Medicina Legal se da luego de 10 años en que la institución funcionó con directores provisionales. Martínez fue el sucesor del psiquiatra José Miguel Fortín Magaña quien estuvo en esa misma condición al frente del IML por cinco años y se retiró el 31 de diciembre de 2015.
El médico psiquiatra se caracterizó por ofrecer de forma mensual un balance con las estadísticas más recientes de las actividades forenses que desarrolla la institución, pero revelar el comportamiento de los homicidios y las desapariciones en El Salvador, le provocó fuertes conflictos con el expresidente Mauricio Funes.
Martínez fue el sucesor de Fortín Magaña y con él a la cabeza de la institución, fue la última vez que la Corte Plena puso en agenda la elección del Director de Medicina Legal en febrero de 2016, pero por falta de consenso, los magistrados retiraron ese proceso de la agenda.
En esa ocasión seis médicos forenses se postularon para el cargo como director del Instituto de Medicina Legal, pero ninguno convenció a los 15 magistrados de la Corte de ser idóneos para el cargo.
Pedro Martínez es graduado en doctorado en medicina y cirugía; su experiencia la ha obtenido en su paso por la emergencia de la Unidad Médica del Seguro Social en Santa Tecla, médico general de Batallón de Sanidad Militar, Brigada de Artillería y médico internista del hospital Médico Quirúrgico y Primero de Mayo.
En su contra
Pero para algunos sindicalistas Martínez debía ser separado de ese proceso. El 19 de abril, el Sindicato de Trabajadores del Órgano Judicial (SITTOJ) inició un paro de labores para denunciar el supuesto abuso laboral de parte del director de la institución, Pedro Hernán Martínez.
Este mismo sindicato apoyó la destitución de los magistrados de la Sala de lo Constitucional el 1 de mayo y el nombramiento de la sala sustituta.