La Corte Suprema de Justicia ordenó iniciar el juicio civil, el pasado 29 de noviembre del 2016 y aprobó el informe de la sección de probidad que señaló pagos de $384,632.49 durante su gestión como titular de la Fiscalía, que no tuvieron relación con retiros de cuentas bancarias personales y de eso solo logró desvanecer $15,774.78 de viáticos de la institución.
Según Probidad, el exfiscal o su esposa entregaban sobres con dinero en efectivo a un empleado de la Fiscalía General que inició sus labores en diciembre de 2012, y él trasladaba dinero en efectivo a las instalaciones de la fábrica Bolsas Desechables y Plásticos (Bodepa) en San Marcos, en donde el contador hacía pagos a las tarjetas de crédito.
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El año pasado, en un video difundido por medios electrónicos se ve al exfiscal recibiendo presuntamente un bloque de billetes del empresario Miguel Meléndez, conocido como mecafé.
Actualmente, el exfiscal Martínez guarda prisión en el sector nueve del penal La Esperanza, conocido como Mariona por los delitos de omisión de investigación y fraude procesal, en el caso ligado al empresario Enrique Rais.