De acuerdo a la iniciativa, a partir de marzo de 2020 el Gobierno tomó medidas de protección ante la pandemia covid19, por las cuales, cita el decreto, “se limitó significativamente la movilidad de las personas”, lo que interrumpió el avance de obras por más de tres meses y hubo una desaceleración de los proyectos.
Esto provocó una desaceleración de la ejecución física de los proyectos de Fomilenio II.
Estas medidas de cierre provocaron que los proyectos no habían sido finalizados en la fecha de finalización del plazo de vigencia del Convenio.
El 4 de diciembre de 2020, la MCC pidió extender el cierre hasta el 30 de abril de 2021.
El 1 de diciembre de 2020, el Ministerio de Hacienda publicó que el Fomilenio II estaba en “riesgo por culpa de diputados”, debido a que los diputados negaban sus votos a un crédito del Banco Interamericano de Desarrollo (BID). “Buscan bloquear las obras de Fomilenio”, dijo el ministro esa fecha.