En los últimos 15 años, los cambios en el gabinete de seguridad y sus dependencias han sido más frecuentes; solo en el gobierno del expresidente Elías Antonio Saca, hubo cuatro directores de la Policía Nacional Civil y en la gestión de Mauricio Funes, tres ministros de Justicia y Seguridad.

Sin embargo, antes de estas administraciones, en la gestión del expresidente Francisco Flores, la PNC sufrió cambios una vez, en su dirección; al iniciar su periodo presidencial, Flores nombró a Mauricio Sandoval pero, el 28 de abril de 2003, renunció a su cargo ante la corporación policial, luego de hacer públicas sus aspiraciones presidenciales, por el partido ARENA, como sucesor de Flores.

En esta gestión, el Ministerio de Seguridad fue dirigido por Francisco Bertrand Galindo y no hubo cambios en el quinquenio, pero la PNC, que pasó a manos de Ricardo Meneses, quien fue ratificado en el cargo en 2004, tras la toma de mando presidencial de Saca. El entonces presidente nombró como ministro de seguridad a René Figueroa y como viceministro a Rodrigo Ávila; meses más tarde a Figueroa se le confiaría también el Ministerio de Gobernación.

En la gestión del expresidente Saca, se relevó a Menesses por Ávila y a Ástor Escalante frente al viceministerio de seguridad; Ávila dejó la PNC y el expresidente Saca nombró al exdirector Francisco Rovira.

Rovira tuvo un paso rápido por la dirección de la PNC; en su estadía prometió bajar los homicidios a cuatro por día: “Será alcanzada a más tardar en 90 días”, dijo Rovira el 5 de mayo del 2008. Seis meses más tarde, Rovira fue sustituido por José Luis Tobar Prieto como nuevo director.

Con la llegada del Gobierno del FMLN, asumió el Ministerio el exdiputado Manuel Melgar. El entonces presidente Mauricio Funes nombró en la dirección de la PNC a Carlos Ascencio, excomandante de la guerrilla salvadoreña.

Dos años después, el 8 de noviembre de 2011, Melgar fue sustituido por el general David Munguía Payes. El 28 de mayo de 2013, Funes nombró como nuevo titular de Seguridad a Ricardo Perdomo, a raíz de una sentencia de la Sala de lo Constitucional.