Merino fue anunciado en mayo como nuevo director técnico de los Comandos Azules, donde llegaba con buen cartel por su experiencia en las inferiores de un club grande de México como el América. También estuvo dirigiendo la misma categoría de Necaxa y San Luis Potosí.
El azteca estuvo 13 partidos al frente del equipo oriental durante el Apertura 2024, donde consiguió tres victorias, tres empates y siete derrotas, sumando 12 puntos hasta la jornada 15 del torneo y dejando así al cuadro de San Francisco Gotera en la novena posición, a tres puntos del octavo clasificado, que es Municipal Limeño.
Además, el conjunto de Morazán indicó en el comunicado que en las próximas horas anunciarán al nuevo entrenador del equipo para lo que resta del actual certamen.
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— C.D. Fuerte San Francisco (@CDFuerteSF) October 15, 2024