La audiencia se instaló alrededor de las 2:00 de la tarde, pero hasta las 6:00 de la tarde, aún continuaba en desarrollo. A la audiencia no hubo acceso a la prensa.
En la audiencia tanto la Fiscalía General de la República (FGR) como la defensa exponen sus pruebas indiciarias tanto de cargo como descargo, que servirán para ilustrar a la jueza si el caso pasa a la etapa de instrucción o es sobreseído de los hechos.
En la audiencia también se resolverá si, de pasar a la etapa de instrucción, continua con la medida de detención provisional o con medidas sustitutivas a la detención. La Fiscalía en su acusación pidió que siguiera detenido.
La Fiscalía en su acusación dice que el comisionado presidencial sobornó “a personas y empresas a cambio de beneficios y participación preferencial en proyectos estratégicos del gobierno".
En la audiencia también se procesa a su asistente, José Ángel Quintanilla Rosales, siempre por los mismos delitos, en perjuicio de la administración pública.
En su acusación, la Fiscalía dice que los hechos ocurrieron mientras Flores ejercía el cargo como comisionado presidencial de Proyectos Estratégicos, y donde exigía dinero por los beneficios.
La captura de Flores se hizo efectiva el pasado 25 de abril y la de su asistente el 26 de abril. Tras la captura de Flores, el presidente en licencia Nayib Bukele aseguró: "No es el primero, y tampoco será el último". Añadió que la guerra de su gobierno contra la corrupción será "tan exitosa" como la "guerra contra las pandillas".
Antes de ser comisionado presidencial, en 2020, Flores intentó seguir su candidatura como alcalde de San Miguel por el partido Nuevas Ideas. Posteriormente fue nombrado subcomisionado y luego comisionado.