El juzgador también ha ordenado la detención preventiva contra el exdiputado del Partido Demócrata Cristiano (PDC), Rodolfo Parker y contra Nelson Iván López, Joaquín Armando Cerna Flores y Óscar Alberto León Linares.
También fue ordenada la detención de Inocente Montano, sin embargo, este ya se encuentra purgando una condena de 133 años en España por la masacre de los sacerdotes.
Por otra parte, el juez resolvió dar medidas alternas a la detención a Juan Rafael Bustillo Toledo, Carlos Camilo Hernández Barahona, Manuel Antonio Rivas Mejías, Juan Orlando Zepeda, Rafael Humberto Larios López.
El juez de Paz fundamentó el otorgamiento de estas medidas a los imputados por razones humanitarias y estos presentaron certificaciones de salud de graves padecimientos como cáncer.
En tanto, para la orden de detención ha valorado que los imputados no asistieron a los llamados judiciales ni a la audiencia inicial, y tampoco sustentaron arraigos que desvanecieran un peligro de fuga.
El 16 de noviembre de 1989 un pelotón del Ejército, en el marco de la guerra civil, irrumpió en el campus universitario y asesinó a los religiosos a dos trabajadoras.