El llamado voto cruzado se da cuando un elector marca candidatos a diputados de distinto partido político. Para que el voto cruzado sea válido, el elector no debe marcar bandera de ningún partido político ni marcar más candidatos de la cantidad de diputados asignados a su departamento. Este tipo de voto fue habilitado por la Sala de lo Constitucional en una histórica sentencia del 5 de noviembre de 2014, ante una demanda presentada por Félix Ulloa y Ramón Villalta, que pidieron declarar inconstitucional la prohibición del voto cruzado en el Código Electoral.
Así, ese día, la Sala declaró inconstitucional la prohibición del voto cruzado que se aplicó por primera vez en las elecciones de 2015 apenas aplicado por el 6.7 % de los votantes, subiendo levemente la proporción en 2018 a 7.7 %, bajando al 5.4 % en 2021 y manteniéndose en similar proporción, 5.7 %, en las recientes elecciones de 2024.
En otras palabras, la mayoría de salvadoreños opta por votar a favor de candidatos a diputados de un solo partido político.
Sin embargo, hay pequeñas diferencias entre la población de cada departamento.
Quienes ejercieron más el voto cruzado en la elección de diputados de la Asamblea Legislativa fueron los electores de San Miguel (12.6 %), San Salvador (6.7 %) y La Libertad (5.8 %) pero el voto cruzado fue bastante mínimo entre los electores de La Unión (1.9 %), Morazán, Cuscatlán (2.3 %) y Cabañas (2.7 %), como muestra la tabla más abajo.
El deseo por elegir diputados de distinto partido político es menor aún si se trata de la selección de diputados del Parlamento Centroamericano (Parlacen), apenas el 2.58 % de los salvadoreños optaron por cruzar este tipo de votos.
Los salvadoreños que viven en Usulután, La Unión, Chalatenango y Morazán fueron los que menos quisieron experimentar este tipo de votación al elegir diputados del Parlacen, una elección que además fue marcada por la apatía.
