Aunque la historia oficial del conflicto marca el origen del mismo en la tarde del lunes 14 de julio, cuando aeronaves militares salvadoreñas apoyadas por pilotos civiles, partieron de Ilopango para bombardear el Aeropuerto de Toncontín en la vecina Honduras, el primer boletín de la CIA detallaba que las hostilidades ya habían iniciado por lo menos tres días antes: “…Patrullas hondureñas y salvadoreñas chocaron la mañana del domingo en El Poy, según indican reportes de prensa la lucha se concentraba en esa área a mediados de la tarde. El 11 de julio una pequeña fuerza salvadoreña fue reportada penetrando en territorio hondureño y fue rechazada dejando cuatro muertos. Este fue el primer choque entre tropas de ambos países y las primeras muertes en combate desde que El Salvador rompió relaciones diplomáticas…”.
El mismo boletín detalla la existencia de movimientos de tropas en la vecina Honduras, particularmente desde la capital hacia San Pedro Sula: “Estos movimientos sin embargo, son de naturaleza defensiva…” detallaban, calculando el éxodo de salvadoreños obligados a volverá a su país debido a los enfrentamientos que se iniciaban, en por lo menos 16,000 personas, “lo que incrementaría las presiones sobre el Presidente Sánchez (Hernández) para proceder a una invasión…”.
Para el siguiente día, martes 15 de julio, el boletín de inteligencia presentado a Nixon iniciaba con detalles sobre la reacción internacional ante las primeras escaramuzas en la frontera. Se destaca la iniciativa de la Organización de Estados Americanos (OEA) de intervenir “para poner fin a las hostilidades desatadas la noche anterior entre los dos países…”. De la lectura del boletín parece evidente que la ofensiva diplomática tuvo como principal protagonista a Honduras, que solicitó a la asamblea de ese organismo regional, la convocatoria urgente a una reunión de ministros de relaciones exteriores, tomando el acuerdo de enviar una comisión especial formada por representantes de siete países, liderada por el Embajador de Nicaragua en Washington, para que visitara los países enfrentados.
Este segundo boletín informa al presidente estadounidense sobre “aviones salvadoreños bombardeando y sobrevolando posiciones hondureñas en la frontera, así como el aeropuerto en Tegucigalpa…”. La estrategia salvadoreña según los analistas de la CIA, era la de “continuar sus ataques anticipándose a un prematuro cese al fuego acordado por la OEA…”. De igual forma, destacaban “la tremenda euforia ente la oficialidad en San Salvador”, agregando que: “Ellos aparentemente creen que la agresividad mostrada por su país dejará satisfacer las exigencias internas de una acción militar para vengar los reveses sufridos en la frontera con Honduras durante anteriores altercados y por el maltrato sufrido por los salvadoreños que vivían en Honduras…”. El informe concluye afirmando que: “El Salvador podría aceptar un cese al fuego con la esperanza de evitar un contra ataque hondureño”.
Para el tercer día de hostilidades, miércoles 16 de julio, todo parecía indicar que ambos ejércitos apostaban a una victoria militar sobre el terreno. El boletín presentado al mandatario estadounidense, destaca que los combates continuaban, sin que se aceptara el ofrecimiento de la OEA de ejercer como mediadora entre los países en guerra.
Sin embargo, la CIA también señala que “funcionarios de alto nivel de ambos países han expresado su preocupación sobre el pobre desempeño de sus respectivas fuerzas en el terreno, así como la carestía en los abastecimientos para éstas…”. Un hecho poco conocido de esta guerra, fue la existencia de campos de concentración de salvadoreños en Honduras. Este tercer boletín se lo informa a Nixon: “…policías y grupos de defensa civil en San Pedro Sula están persiguiendo a todos los salvadoreños y deteniéndolos en el estadio de fútbol. Una cadena de radio nacional en Honduras exhortaba anoche a todos los hondureños a lo largo de la carretera occidental, a tomar sus machetes y cualquier arma para ir al frente de guerra a apoyar a su ejército…”.
Al día siguiente, jueves 17 de julio, ambas fuerzas expresaban voluntad de acceder a un cese al fuego con mediación de la OEA, pero ninguno de los países se decidía a ser el primero en deponer sus fuerzas. El boletín de inteligencia de este día describe la estrategia del ejército salvadoreño de avanzar sobre el territorio hondureño: “…El Salvador aún no accede a retirar sus tropas y aún persiste en usarlas como una ventaja dirigida a garantizar la seguridad para los más de 250,000 salvadoreños que viven en Honduras…”.
Las operaciones militares tuvieron un efecto político disímil en ambos países. Mientras que en El Salvador “la confianza en el desempeño de las fuerzas armadas habría devuelto el prestigio del gobierno…”, el gobierno de Honduras, según los analistas de la CIA: “se encuentra bajo una intensa presión política para recuperar en la mesa de negociaciones lo que ha perdido en el campo de batalla…la incapacidad de recuperar el orgullo nacional, podría erosionar el gobierno de López (Arellano)…”.
El fin de las hostilidades comenzó a ser considerado inminente a partir del viernes 18 de julio. En el boletín de inteligencia de este día, la Agencia Central de Inteligencia no solo informa al presidente Nixon de que éste puede considerarse inminente, sino que además, identifica como punto de controversia para la mediación de la OEA, la restauración de las fronteras entre ambos países al estado en que se encontraban antes del inicio de las hostilidades cuatro días antes. Según el reporte de inteligencia de aquel día: “…Honduras insiste en que las fuerzas de ocupación salvadoreñas deben retirarse dentro de las 12 horas posteriores al cese del conflicto, pero los salvadoreños sostienen que estarían fuera en un plazo de 96 horas. El equipo de la OEA confía en lograr un acuerdo este día…”.
De la lectura del boletín es claro que Honduras estaba a la cabeza de la ofensiva diplomática. Sus representantes apostaban a un acuerd de cese al fuego bajo control de los representantes de la OEA e invocaron normas del derecho internacional para que se considerara a El Salvador como “estado agresor”. En el terreno militar, señalaban que “…existen indicios que tropas hondureñas están recuperando el territorio perdido en un inicio. En ambos ejércitos escasean armas y equipos y ambos gobiernos estarían buscando armamento en el extranjero…”.
Ese mismo día a la media noche fue implementado el cese al fuego para ambos ejércitos. A las 04:30 horas del día siguiente, la CIA le informa al Presidente Nixon de que éste seguía manteniéndose, agregando en el boletín del sábado 19 de julio que: “…es incierto, sin embargo, que El Salvador vaya a mantener su parte del acuerdo…”. En Honduras señala el informe presidencial: “existe preocupación sobre el efecto de la propaganda salvadoreña, particularmente sobre la exhortación a los residentes salvadoreños en Honduras para organizar una quinta columna y prepararse para recibir órdenes de emprender acciones de sabotaje…”.
Finalmente ambos ejércitos se mantuvieron bajo control de la OEA, la “Guerra de las 100 Horas” duró en realidad casi una semana y dio al traste con lo que se había avanzado en las políticas económicas de integración centroamericana. Los boletines de inteligencia de la época también dan cuenta de la preocupación de los socios regionales y en poco tiempo el cierre de fronteras entre los países enfrentados limitó las posibilidades comerciales entre éstos.