Al mismo tiempo negó que el Alto Mando de la Fuerza Armada de El Salvador (FAES) haya tenido el control de la operación que el 16 de noviembre de 1989 montó el batallón Atlacatl en las instalaciones de la Universidad Centroamericana (UCA) para asesinar a los jesuitas.
Uno de los abogados le preguntó. ¿Una operación como la de la UCA, debería estar controlada por el Alto Mando, incluyendo al presidente?, a lo que vargas respondió con un rotundo No. El militar dijo que “una operación, cualquier tipo de operación. Yo puedo decirles que en 32 años de mi vida profesional, jamás vi un plan de operaciones donde dijera vayan asesinar a fulano. Hay operaciones que se dice, mire hay un problema en la zona norte, en la parte de la frontera con Honduras, vaya y revise, uno hace su análisis de situación”.
El interrogatorio al que Vargas fue sometido en su calidad de perito tras un informe que elaboró en febrero del año 2013, le preguntaron ¿si el asesinato del sacerdote jesuita Ignacio Ellacuría era una decisión político estratégica?, respondiendo que “me parece una locura afirmar eso. Eso no puede ser político estratégico. Eso es un asesinato así de simple. Ya le dije en 32 años de mi vida profesional nunca”.
Una pregunta que incomodó a Vargas fue si ¿La Tandona era una familia mafiosa, corrupta, con código de silencio e impunidad y que generaba miedo por las represalias?, respondiendo que “ todos esos adjetivos calificativos son de orden político ideológico, creados en el conflicto armado para desligitimar a las personas que los combatían y crear lo que se llama una lucha de masas, una insurrección popular como la que sucedió en Nicaragua”.
Vargas dijo que el nunca ha defendido ni pretende defender a Montano en este juicio y dijo que el excoronel tuvo funciones administrativas.