El ecuatoriano Leonardo Campana anotó su séptimo gol de la temporada al minuto 75, pero James Sand empató sobre el cierre al 90+5.
Messi, de 37 años, no tuvo una de sus mejores juegos aunque participó en la única anotación de su equipo.
El partido tuvo pocas oportunidades en la primera parte. New York City FC fue constante con la presión alta en una cancha pequeña en la que Inter Miami tuvo dificultades para ajustarse a su estilo.
En el segundo tiempo, el partido fue de mucho contacto y derivó en un total de cinco amarillas para Inter Miami.
Campana ingresó al partido al minuto 72 y res minutos más tarde anotó el gol del Inter con remate de primera intención desde el borde del área chica a pase de Jordi Alba tras una habilitación del capitán, Lionel Messi.
Campana, de 24 años, llega a 31 goles y extiende la ventaja en el liderato de goleo histórico de Inter Miami, mientras Messi tiene 27 y es tercero en la lista, detrás del ya retirado Gonzalo Higuaín con 29.
En el último suspiro del encuentro y por medio de un tiro de esquina, James Sands ganó en la marca sobre el argentino Tomás Avilés y de cabeza decretó el 1-1 definitivo.
Inter Miami cierra una semana de tres juegos con cinco puntos luego de un triunfo ante Philadelphia Union y empate frente a Atlanta y NYCFC.
En la tabla general, los del sur de la Florida llegan a 64 puntos y abren una ventaja de nueve puntos sobre FC Cincinnati y LA Galaxy.