De acuerdo con la entidad fiscal, a Medina Flores se le acusa de apropiarse de más de $61,000 dólares, durante el periodo de mayo del año 2018 hasta abril del 2021, tiempo que estuvo como edil.
La FGR también acusa a Gabino García, Oliver Orlando Martínez, Martín Torres, María Argelia, Alberto Argueta y Marta Celina Lozano,a quienes se les procesa por presunta complicidad en el delito de peculado, en perjuicio de la administración pública.
En agosto de 2023, la Policía Nacional Civil (PNC) reportó la captura de Medina Flores, y parte de su concejo municipal (2018-2021), por supuestos actos de corrupción cometidos durante su administración.
Las investigaciones revelaron que el exalcalde participó en al menos 39 procesos de compras que constan en facturas con un valor total de $12,458.92. Además, el exfuncionario habilitó 24 cheques más identificados con el Fondos Municipal o el Fodes. Los cheques a favor de su nuera por $11,923.21.
En mayo del 2021, el exalcalde Medina Flores y sus exempleados fueron denunciados ante la Fiscalía General de la República por malversación de fondos, por proyectos que se ejecutaron en el marco de la ilegalidad, según confirmaron fuentes cercanas al caso.
En 2022, el exalcalde de Conchagua fue enviado a juicio, por los delitos de actos arbitrarios en contra de tres empleados de la municipalidad, a quienes removió de sus cargos ilegalmente mientras era alcalde.