La Fiscalía afirmó que Cáceres es cuestionado por 44 irregularidades en depósitos en efectivo de cuentas de ahorro, pagos de préstamos y pagos a tarjetas de crédito por un monto de $3,51,407.87.
Por otro lado, la Fiscalía acusó a su grupo familiar: su esposa Reina Guadalupe Flores de Cáceres y un hijo, de quien no revelan la identidad. En el caso de su esposa es señalada de 11 irregularidades relacionadas a depósitos a cuenta de ahorro, la adquisición de vehículos e inmuebles por $346,553.85 mientras que el hijo por $6,133.74.
En total, el grupo familiar es cuestionado por un presunto enriquecimiento ilícito de $3,892,095.46.
En mayo de este año, por unanimidad el pleno de la Corte Suprema de Justicia ordenó un juicio civil por enriquecimiento ilícito contra Francisco Cáceres Saldaña por 57 irregularidades y días más tarde, la Fiscalía lo acusó ante la Cámara Ambiental de la Segunda Instancia de Santa Tecla.
El exsecretario privado de la presidencia, Francisco José Cáceres Zaldaña también fue acusado por la Fiscalía General de la República (FGR) en junio del 2018 junto con 32 personas en el caso conocido como “Saqueo Público”, sin embargo, nunca fue judicializado, ni en el caso de los presentes ni ausentes. Francisco Cáceres en la vista pública contra los procesados presentes declaró en calidad de testigo criteriado, se desconoce a cambio de qué beneficio procesal.
Los abogados siempre sostuvieron que el encargado de manejar los gastos reservados de Casa Presidencial en la gestión Funes fue Cáceres Saldaña, y lo señalan como el responsable del desfalco de los $351 millones.