Funes, su grupo familiar y exfuncionarios de su gobierno están acusados de delitos de corrupción en el manejo de $351 millones durante su gestión (2009-2014). Para el 27 de noviembre estaba prevista la audiencia preliminar, sin embargo la diligencia fue suspendida por no estar listo el peritaje financiero contable, principal prueba de la Fiscalía para pedir que el caso pase a juicio.
Los 23 profesionales que realizan la investigación fueron juramentados por el juez el 7 de diciembre de 2018, lo que implica que ya casi llevan dos años de trabajar en la documentación que precisará el monto millonario presumiblemente extraído por Funes de la Cuenta del Tesoro Público de Casa Presidencial y su destino final.
Mientras tanto, el expresidente Mauricio Funes y su familia se encuentra prófugo en Nicaragua desde el 2016 donde fueron asilados aduciendo persecución política en su país y finalmente nacionalizados, lo que impidió que fueran extraditados a El Salvador para que respondieran por los delitos de lavado de dinero, peculado y encubrimiento.
Las investigaciones de la Fiscalía General detectaron en 2016 una red de corrupción supuestamente dirigida por el expresidente prófugo Mauricio Funes mientras ejercía su cargo y que tuvo como propósito el desvío de $351 millones de los fondos del estado. Un informe más reciente del Banco Hipotecario y dado a conocer por la actual presidenta, revela que el monto sustraído de las arcas del estado asciende a $379 millones.
De los 32 presuntos responsables de esta trama solo seis fueron detenidos en el operativo denominado “Saqueo Público”: Miguel Menéndez (Mecafe), Rigoberto Palacios Panameño, Manuel Rivera Castro, expresidente del Banco Hipotecario, Ana Elizabeth Coto, Luis Miguel Ángel García, William Eduardo Guzmán Arbaiza.
A la lista se sumó la exprimera dama, Vanda Pignato (ella no fue a prisión por razones humanitarias) y el exsecretario de comunicaciones, David Rivas, mientras que 20 aún siguen prófugos de la justicia, incluyendo a Funes, su compañera de vida y sus dos hijos.
El 8 de julio de 2020, la Cámara Primera de lo Penal benefició a nueve de los 32 acusados con arresto domiciliar por cumplimiento de la detención provisional máxima de dos años sin ser sentenciados: José Miguel Antonio Meléndez Aguilar, David Marciano Rivas, Luis Miguel Ángel García, Ana Elizabeth Coto, Francisco Rodríguez Arteaga, Pablo Gómez, Jorge Alberto Herrera Castellanos, Rigoberto Palacios Panameño y Jorge Alfredo de Jesús Rodríguez. Los nueve son procesados por delitos de corrupción y lavado de dinero.
Como una forma de resarcir el desfalco millonario al estado, la Fiscalía embargó en enero de este año nueve inmuebles al expresidente Funes seis vehículos y cuatro productos financieros; que suman $1.3 millones les fueron congelados por la Fiscalía General a dos exfuncionarios del expresidente prófugo, Mauricio Funes para someterlos a un proceso de extinción de dominio con el propósito de que pasen al Estado.